《条例》创新体制机制，明确了广东省政府各有关部门关于南沙建设发展的职责，对通过省层面加强统筹协调、加强资源保障和政策支持，加强与香港、澳门的沟通协调，建立办理涉南沙事项的绿色通道，支持重大项目建设和体制机制创新等都作出了规定。切实在相关政策实施、项目安排、体制机制等方面支持南沙打造开放层次更高、营商环境更优、辐射作用更强的开放新高地，推动落实南沙深化面向世界的粤港澳全面合作。

　　《条例》突出放权赋能，明确根据南沙建设发展需要，按照“能放尽放”的原则，最大程度将有关权限依法下放，调整由南沙行使，努力实现“南沙的事南沙办”。明确在符合法律、行政法规或者国家规定前提下，按照有关程序报经国家同意后，可以将承接的国家管理权限依法调整由南沙区人民政府及有关部门行使。

　　《条例》建立创新容错机制。鼓励和支持南沙结合实际情况，在法治框架内率先在改革开放重要领域和关键环节大胆探索、先行先试。《条例》还规定，对广东省其他 地区已经推行的改革举措，南沙具备条件且有实际需要的，支持南沙探索实施。为消除改革创新的后顾之忧，建立容错免责机制，规定对探索中出现失误或者偏差，符合规定条件的，可以予以免责或者减轻责任。

　　《条例》按照“问题引导立法、立法解决问题”的原则，针对南沙建设发展中存在的问题和不足，在投资、金融、航运、资格互认、数据跨境、民生制度衔接等领域，通过优化资源配置、加强政策扶持、鼓励改革创新等制度措施，着力拓展与港澳合作深度广度、强化规则衔接和机制对接、营造法治化国际化便利化营商环境，为南沙的长远发展夯实法治基础。

　　《条例》在科技创新、产业发展、营商环境、人文交流、民生合作等方面，着力推进规则衔接、机制对接，深化粤港澳互利共赢合作。《条例》第十一条规定，在南沙的利用财政性资金设立的高等学校、科研机构等单位，可以按照国家和省的有关规定赋予科研人员职务科技成果所有权或者长期使用权，可能影响国家利益和重大社会公共利益的除外。同时《条例》对在南沙设立的高新技术重点行业企业的亏损弥补作出规定，并规定设在南沙先行启动区符合条件的鼓励类产业企业，按照国家规定减按百分之十五的税率征收企业所得税。《条例》第二十二条规定支持南沙建设中国企业“走出去”综合服务基地和外商投资南沙服务平台，为企业投资提供一站式综合服务，维护中国企业境外投资利益和外商投资企业合法权益。