一位不愿具名的科研管理人员对《中国新闻周刊》感慨，国家三令五申说科技人才评价体系改革要“破五唯”，尤其不要“唯帽子”，但问题是到了基层，无论对科研人员还是研究机构，都是凭“帽子”发钱，不可能不重视，甚至研究机构为维持自身更好运营，也会鼓励研究员多申请各类人才、科研项目，单位内部的排名或奖惩也都和项目直接挂钩。

　　然而，这些企业在拿到相应的承包工程后，就极力寻找合同和岛内相关规定中的漏洞，逃避出资义务。岛内人士指出，这些企业与民进党关系密切，因此彼时已经上台的陈水扁非但没有追究它们的责任，还想尽办法违规“帮助”它们。

　　2003年，作为中国科研体制改革“试验田”的北生所开始筹建，其目标是出人才、出成果、出机制。王晓东是北生所第一、二任所长，他对《中国新闻周刊》介绍，北生所目前每年能获得2.5亿元的稳定经费支持，分别来自北京市、科技部和清华大学。北生所实行理事会下的所长负责制，行政、财务完全自主。