除了具体的器物，就连器物坑本身都存在着难以解读的答案。因为2号坑几乎没有考古学中重要的断代物证陶器出土，加上三星堆地处偏远，不能完全依靠交叉断代法来根据器物艺术风格对年代进行类比推断，所以关于1、2号坑的绝对年代和先后顺序一直存在不同意见。包括坑的性质，历来也有祭祀坑、埋藏坑、墓葬坑、火葬坑、窖藏坑几种意见，其中持埋藏论者又分为战争说、政变说、神庙失火说、宗庙神庙器物分别埋藏说等。

　　一路的调查和勘察中，内城的城墙也随之浮现。原来在三星堆城内的西北、西南和东北，先后还有月亮湾小城、三星堆小城和仓包包小城三个内城。在孙华看来，三星堆最终呈现出的城市格局包含了一种“法天象地”的思想内涵：“到了三星堆文化晚期，形成了城北是世俗区，城南是宗教区，中间有一条（马牧）河隔开，整个看起来是一个田字格。”他认为这是三星堆对中国文化一个非常重要的贡献：“这样的一种城市规划，被金沙继承。古蜀国的最后一个都城，成都城也是这样。这种都城规划被秦始皇看中，所以建咸阳时，‘渭水贯都，以象天汉，横桥南渡以法牵牛’。最后的一个集大成者则是隋唐的洛阳城。”

　　如同一张名片，这些神秘的遗物将三星堆推向了举世瞩目的视线中心，也将三星堆研究带入了一个全新的阶段。更为重要的是，在过往文献中，为秦所灭之前的古蜀被描述为一个“不晓文字，未有礼乐”的化外之地，器物坑的发现无疑突破了这一认知，它向今人展示着那个遥远而神秘的王国曾经拥有相对成熟的王权与神权，拥有不逊于中原的灿烂文明。