一切围绕项目的资助体系中，研究机构的运营、选题方向及科研人员的工资薪酬都和项目直接挂钩。庄辞对《中国新闻周刊》说，作为项目负责人，为了“凑人头费”，也就是给课题组的学生和博士后发得出工资，还必须不间断去申请新的项目，造成一定的重复资助。

　　周忠和表示，基金委还应扩大面上项目的资助率和资助强度，其单项资助强度曾一度达到八九十万元。近几年，基金委资助资金的总池子逐年扩大，但面上项目被其他各类项目所稀释。2021年，基金委面上项目总资助金额占国家自然科学基金年度拨款的49.3%，十年前，这一数字能达到66.5%。

　　回国后，黄令仪继续研究集成电路，从建立版图库，到探究寄生参数对性能的影响，一切重新开始。这一时期，由她主导研究的两个项目获得了国家专利。